Trong những ngày đầu của cuộc nội chiến, hơn 50.000 người bị mắc kẹt ở "bên kia" chiến tuyến bị ám sát hoặc hành quyết hàng loạt. Số nạn nhân có lẽ ngang bằng ở cả hai phe. Trong những paseos ("cuộc đi dạo"), như những cuộc hành quyết được gọi khi đó, những nạn nhân bị đưa khỏi nơi trú ẩn, hoặc nhà giam bởi những người có vũ trang và bị bắn chết bên ngoài thành phố. Các xác chết bị bỏ mặc, hoặc vứt vào các hố đào bởi chính những nạn nhân. Lực lượng cảnh sát địa phương chỉ đơn thuần ghi nhận sự xuất hiện của những xác chết. Có lẽ một trong những nạn nhân nổi tiếng nhất là nhà thơ và nhà soạn kịch Federico García Lorca. Chiến tranh bùng nổ cũng là cơ hội để thanh toán nợ nần và những mối thù lâu năm. Sự việc này trở nên phổ biến trong suốt cuộc chiến ở các khu vực bị chiếm đóng. Trong phần lớn các vùng, thậm chí trong cùng một làng, cả hai phe thực hiện các vụ ám sát lẫn nhau.

Mọi hy vọng chấm dứt nhanh chóng cuộc chiến tan vỡ vào ngày thứ năm của cuộc nổi loạn, ngày 21 tháng 7, khi lực lượng Quốc gia chiếm căn cứ hải quân chính của Tây Ban Nha tại Ferrol, tây bắc Tây Ban Nha. Sự kiện này khuyến khích các quốc gia phát-xít châu Âu hỗ trợ Franco, bản thân Franco đã liên lạc với chính phủ Đức và Ý một ngày trước đó. Ngày 26 tháng 6, các quốc gia Phe Trục tương lai chính thức ngả về phe Quốc gia. Ngày 5 tháng 10, đội quân dưới quyền Đại tá Alfonso Beorlegui Canet, được lệnh của tướng Emilio Mola chỉ huy lực lượng nổi loạn ở phía bắc Tây Ban Nha, đánh chiếm Irún và đóng cửa biên giới với Pháp, và như vậy đã cô lập các tỉnh theo phe Cộng hòa ở phía bắc Tây Ban Nha. Ở phía nam, lực lượng Quốc gia dưới quyền của Franco đánh thắng một trận lớn vào ngày 27 tháng 9 khi họ giải vây thành Alcázar ở Toledo.

Đơn vị đồn trú dưới quyền Đại tá Moscardo cố thủ Alcázar ở trung tâm thành phố ngay từ những ngày đầu của cuộc nổi loạn, kháng cự trong hàng tháng chống lại hàng ngàn quân Cộng hòa vây kín khu doanh trại đơn độc. Việc phe Cộng hòa không thể đánh chiếm được Alcázar là một đòn giáng mạnh vào uy tín của họ, vì họ không thể bào chữa được việc họ chiếm ưu thế tuyệt đối về quân số tại đó. Hai ngày sau khi giải vây Alcázar, Franco tự phong là Generalísimo (Đại tướng quân) và Caudillo ("Thủ lĩnh") trong khi buộc các phe phái Falangist khác nhau và các lực lượng Bảo hoàng thống nhất dưới sự lãnh đạo của phe Quốc gia. Tháng 10, lực lượng Quốc gia tiến hành chiến dịch tấng công lớn về phía Madrid, và tới đầu tháng 11 đã tiến với ngoại vi thành phố rồi mở cuộc tổng công kích vào Madrid ngày 8 tháng 11. Chính phủ Cộng hòa buộc phải sơ tán khỏi Madrid về Valencia, khỏi khu vực chiến sự ngày 6 tháng 11. Tuy nhiên, cuộc tấn công của phe Quốc gia vào thủ đô bị đẩy lùi sau một cuộc kịch chiến diễn ra suốt từ ngày 8 đến ngày 23 tháng 11. Phe Cộng hòa giành được thắng lợi trong trận phòng thủ Madrid một phần nhờ vào sự tiếp viện kịp thời của lực lượng Lữ đoàn quốc tế, dù rằng họ chỉ có chỉ chừng 3.000 người tham chiến. Thất bại trong nỗ lực đánh chiếm thủ đô, Franco cho ném bom thành phố, và trong vòng hai năm tiếp đó, mở nhiều chiến dịch tấn công nhằm vây kín Madrid. (Xem thêm Trận vây hãm Madrid (1936-39))

Tới ngày 18 tháng 11, nước Đức và Ý chính thức công nhận chính quyền của Franco, và tới 23 tháng 12, Ý gửi "quân tình nguyện" đến chiến đấu cho phe Quốc gia.